觀察圖3和圖4的結果，通過比較可以發(fā)現(xiàn)，隨著r的增加，其相關系數和分類正確率普遍降低，當r=2時，其分類穩(wěn)定性和識別正確率明顯高于r=3，4，5時的情況。此時，Alpha-NMF算法相比標準NMF算法具有較高的分類準確性和穩(wěn)定性。尤其當α=0．5時，效果最佳。因此，選擇Alpha-NMF算法α=0．5，r=2處理后的集合基因，如圖2所示，選擇某一閾值(此處閾值為50)，可以分別提煉出268個(HIP)、172(EC)個探針表達變化具有顯著差異。

4 討論
4．1 特異性基因及其功能分類
將上節(jié)提煉出的探針號與AD基因組進行比對，共確定有320個基因為特異性基因。這些基因主要于細胞信號傳導、物質代謝、物質傳輸等生物過程有關。
MiMI(Michigan Molecular Interactions)是國家衛(wèi)生研究所疾病預防控制綜合生物情報中心中的一部分。它可以提供蛋白質間的相互作用，并且利用這些數據進行融合，集合成一個復雜的網絡；還能檢索大量基因的生物功能。
使用MiMI對上上述特異性基因進行功能分類，其中有88基爵在GO(Gene Ontology)上沒有注釋，因此沒有對其分類，僅對其余的232個基因進行分類，根據分類結果，主要分為以下幾類：1)物質代謝過程；包括蛋白質代謝、細胞氮化合物代謝、核苷酸代謝；2)細胞周期過程，包括細胞形態(tài)發(fā)生和發(fā)展、細胞自動調節(jié)機能、生殖細胞形成；3)定位過程，包括蛋白質定位、細胞定位、大分子定位；4)細胞成分組織，包括細胞內大分子聚集、細胞膜組織以及細胞內各器官組織；5)生物合成過程，包括核苷酸合成、小分子合成；6)基因表達、轉錄、翻譯；7)神經系統(tǒng)調節(jié)，包括神經元的形成、神經突觸傳導、神經元變異、神經傳導素生成及傳輸；8)細胞凋亡；9)物質運輸，包括ATP水解耦合質子運輸、陽離子運輸、胞內蛋白質運輸、離子跨膜運輸。上述基因功能分類如表1所示。