來源：DeepHub IMBA

對于 Graph ML 來說2021年是重要的一年——成千上萬的論文、無數(shù)的會議和研討會......說明這個領域是在蓬勃的發(fā)展。我將Graph ML 這一年的進展進行結構化的展示，并重點介紹

趨勢和主要進步。

無論您是在研究細分的主題還是剛開始使用 Graph ML - 我們都希望這篇文章是一個很好的參考點。這個領域太大了如果我錯過了一些重要的東西，請在評論中告訴我們！

Graph Transformers + Positional Features

GNN 在通常是稀疏的圖上運行，而 Graph Transformers (GT) 在全連接圖上運行，其中每個節(jié)點都連接到圖中的每個其他節(jié)點。一方面，這帶來了節(jié)點 N 數(shù)量的 O (N2) 復雜度。另一方面，GT 不會遭受過度平滑，這是長距離消息傳遞的常見問題。全連接圖意味著我們有來自原始圖的“真”邊和從全連接變換中獲得的“假”邊。我們還需要一種方法來為節(jié)點注入一些位置特征，否則 GT 會落后于 GNN（如 Dwivedi 和 Bresson 的 2020 年論文所示）。
今年最引人注目的兩個Graph Transformers模型可能是 SAN（Spectral Attention Nets）和 Graphormer。
Kreuzer、Beaini 等人的 SAN 使用了拉普拉斯算子的 top-k 特征值和特征向量，表明單獨的譜特征（spectral features）可以區(qū)分被 1-WL 檢驗確定是否同構的圖。SAN 將光譜特征與輸入節(jié)點特征連接起來，在許多分子任務上優(yōu)于稀疏 GNN。

Ying 等人的 Graphormer 采用了不同的方法并使用了空間特征。節(jié)點特征豐富了中心性編碼（centrality encoding）——可學習的入度和出度嵌入。注意力機制有兩個偏置項：1、節(jié)點 i 和 j 之間最短路徑的距離；2、取決于一條可用最短路徑的邊特征編碼。

 
Graphormer完成了2021年Graph ML大滿貫:OGB large Challenge和Open Catalyst Challenge圖回歸任務第一名!(以下將詳細介紹這些挑戰(zhàn))
SAN 和 Graphormer 在分子級別的任務上進行了評估，圖相當?。ㄆ骄?50-100 個節(jié)點），這樣計算量不會特別大，例如運行 O (N3) Floyd-Warshall 所有對最短路徑。Graph Transformers 仍然受到 O (N2) 注意力機制的限制?？s放到大于分子的圖形可能會解決這些問題。來自 NLP的思想可能會有所幫助，但由于他們從未實現(xiàn)注意力矩陣，因此需要找到一種聰明的方法將邊緣特征置于此類模型中。在 2022 年應該會看到更多關于這方面的研究！

Equivariant GNNs

Geoffrey Hinton 提出的equivariance有何獨特之處？
equivariance在 2021 年掀起了 ML 的風暴，在 Graph ML 中，它在許多molecular tasks中尤其具有破壞性。等變 GNN 需要一個額外的節(jié)點特征輸入——即物理坐標的一些表示，這些表示將在 n 維空間中旋轉/反射/平移。

Satorras、Hoogeboom 和 Welling 提出了 EGNN、E(n) 等變 GNN，其與普通 GNN 的重要區(qū)別在于將物理坐標添加到消息傳遞和更新步驟。方程 3 將相對平方距離添加到消息 m，方程 4 更新位置特征。EGNN 在建模 n 體系統(tǒng)、作為自動編碼器和量子化學任務（QM9 數(shù)據集）方面顯示出令人印象深刻的結果。


另一種選擇是合并原子之間的角度，如 Klicpera、Becker 和 Günnemann 在 GemNet 中所做的那樣。這可能需要將輸入圖轉換為折線圖，例如邊圖，其中來自原始圖的邊變成折線圖中的節(jié)點。這樣就可以將角度作為新圖中的邊特征。


GemNet 在分子動力學任務上取得了不錯的成績：COLL、MD17 和 Open Catalyst20。顯然equivariance才剛剛起步

由于幾何深度學習，整個****物發(fā)現(xiàn) (DD) 領域在 2021 年得到了顯著的發(fā)展。DD 的眾多關鍵挑戰(zhàn)之一是生成具有所需屬性的分子（圖）。這個領域很大，所以我們只強調模型的三個分支。
Normalizing Flows.
Satorras、Hoogeboom 等人應用上述equivariance框架來創(chuàng)建 E(n) 等變歸一化流，能夠生成具有位置和特征的 3D 分子。

概率模型

Shi、Luo 等人研究了在給定 2D 圖形的情況下生成 3D 構象異構體（即 3D 結構）的問題。模型 ConfGF 估計原子坐標對數(shù)密度的梯度場。作者想出了一種方法將這種旋轉平移等變屬性合并到估計器中。

RL方法

用一種非常不科學的方式來描述，這些方法通過逐步添加“構建塊”來生成分子。我們可以根據這種構建過程的條件對這些方法進行廣泛的分類。例如Gao、Mercado和Coley將構建過程設定在合成能力上，也就是說否能夠在實驗室中創(chuàng)造這個分子。他們首先學習如何創(chuàng)建構建塊的合成樹(類似模板)。

由Yoshua Bengio領導的Mila和Stanford研究團隊提出了一個更通用的框架，Yoshua Bengio介紹了GFlowNets。這很難用幾句話來概括——當想要對不同的候選人進行抽樣時，GFlowNets可以用于主動學習案例并且抽樣概率與獎勵函數(shù)成正比。他們最近在NeurIPS發(fā)表的21篇論文顯示了GFlowNets應用于分子生成任務的好處。