Windows CE 2.12也是作為2.1-白樺(Windows CE 2.1的代號)的服務(wù)包發(fā)布的。這次發(fā)布中最大的亮點是一個增強的平臺Builder工具集，它具有一個圖形化的前端界面。用一個新的通知接口調(diào)整了系統(tǒng)操作，新的接口將不同的通知功能進行了組合。通知的用戶接口暴露在平臺Builder中，允許嵌入式應(yīng)用開發(fā)者定制通知對話框。微軟基于PC的 Internet瀏覽器 IE 4.0也被引入到Windows CE中，稱為Genie-通用IE控件。這個HTML瀏覽器控件完善了簡單小巧的Pocket Internet瀏覽器。微軟消息隊列(MMQ)也被加了進去。Windows CE 2.11中的安全功能“運行/不運行(go/no go)”也增加了“運行，但不信任(go,but don't trust)”的選項。這樣，不被信任的模塊可以運行，但不能調(diào)用關(guān)鍵功能集，也不能修改注冊表的某些部分。

期待已久的Windows CE 3.0終于在2000年中發(fā)布了。這次發(fā)布是跟隨同年4月發(fā)布的Pocket PC的，它使用了Windows CE 3.0略早一些的內(nèi)部版本。Windows CE 3.0最大的亮點在它的內(nèi)核，內(nèi)核為更好的支持實時功能而做了優(yōu)化。增強后的內(nèi)核，支持256個線程優(yōu)先級(之前的版本是8個)，可調(diào)整線程周期，可嵌套的中斷服務(wù)程序，并減少了內(nèi)核等待時間。

Windows CE 3.0改進的地方不僅僅在內(nèi)核上。一個新的COM組件被加入進來，用來完善2.0就有的進程內(nèi)COM功能。新的組件支持完整的進程外COM和DCOM功能。對象存儲區(qū)域也做了改進，可以支持256M RAM了。對象存儲區(qū)域里的文件大小限制也提高到了32M/文件。Platform Builder 3.0的附加的軟件包加入了更多的功能，增加了media player控件，提高了多媒體支持。用PPTP，ICS和遠(yuǎn)程桌面顯示功能改進了網(wǎng)絡(luò)支持。還正式引入了DirectX API。

Windows CE接下來的一個版本，改變的不僅僅是新特性，產(chǎn)品的名字也改了。2001年初，Windows CE.NET 4.0發(fā)布了。這個版本里，改變了虛擬內(nèi)存的管理方式，將每個應(yīng)用程序的虛擬內(nèi)存空間擴大了1倍。Windows CE.NET 4.0還增加了新的驅(qū)動裝載模式，服務(wù)(Services)支持，新的基于文件的注冊選項，藍牙功能，802.11以及1394支持。具有諷刺意味的是，Windows CE.NET 4.0雖然叫.NET，但卻不支持.NET 精簡框架。

2001年末，Windows CE 4.1跟隨Windows CE 4.0之后發(fā)布了，增加了IP v6支持，Winsock2支持，一組支持applets的新功能，以及一個叫Power Manager的例子。Windows CE 4.1支持.NET 精簡框架。.NET 運行時庫作為一個快速修復(fù)包(QFE)，在操作系統(tǒng)發(fā)布后提供的。

2003第2季度，Windows CE.NET 4.2發(fā)布了。這次升級，提供了很棒的、OEM廠商期待的新特性-在嵌入式系統(tǒng)上支持Pocket PC應(yīng)用程序。Pocket PC特有的API，比如菜單條、軟輸入法以及其它解釋器特性，被移植到基本操作系統(tǒng)里了。為支持名字空間擴展，瀏覽器Shell被重寫。通過在某些CPU 上直接支持硬件分頁表功能，內(nèi)核性能得到了改進。